Milos Kratochvil Jablonec è sceso in campo nella maggior parte delle partite del club in Czech Liga nel 2020/2021, avendo collezionato 20 presenze, per un totale di 1652 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 20 presenze, su 34 giornate.
La sua ultima presenza in Czech Liga è stata il 29 maggio, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia Jablonec contro Pardubice, nella vittoria per 1-0. In totale il centrocampista ha realizzato 4 gol nel 2020/2021; ha inoltre fornito 1 assist. Ha ricevuto 6 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Kratochvil ha segnato l'ultima volta in campionato nel pareggio 1-1 contro Mladá Boleslav, il 19 febbraio. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Teplice il 15 gennaio, con una rete nella vittoria per 5-0.
Nella passata stagione di Czech Liga Kratochvil ha giocato 23 partite con Jablonec, realizzando 3 gol.
Prima di cominciare l'esperienza con Jablonec nel luglio 2018, il centrocampista ha collezionato 21 presenze in campionato con Zbrojovka Brno, per un totale di 1 gol.