Juan Pérez del Godoy Cruz è sceso in campo 9 partite di Liga Profesional Argentina nel 2024 dopo aver raggiunto il club il 9 agosto 2024, essendo stato scelto nell'11 iniziale in 6 di queste ed essendo subentrato 3 volte.
L'ultima presenza di Pérez risale al 14 dicembre, contro Instituto. In quella partita ha fornito un assist vincente nella vittoria per 3-1. In totale il centrocampista ha realizzato 1 rete in questa stagione; ha inoltre registrato 2 assist.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro il Banfield l'8 dicembre, avendo segnato nella vittoria per 4-0.
Nella passata stagione di Liga Pro Pérez è sceso in campo in 5 partite con Emelec.
Il centrocampista ha iniziato la sua esperienza con il Godoy Cruz nell'agosto 2024, mentre prima giocava con América de Quito, con cui non ha collezionato alcuna presenza in campionato, con 2 gol segnati.