Jonathan de la Cruz Macará non è sceso in campo nella maggior parte delle partite del club in Liga Pro nel 2020, avendo collezionato 8 presenze, per un totale di 214 minuti. É partito titolare in 2 partite su 30 giornate ed è stato soprattutto utilizzato come subentrato, in 6 occasioni.
Il centrocampista ha collezionato la sua ultima presenza l'8 dicembre, con Macará: una sconfitta per 2-1 contro Deportivo Cuenca, in cui ha giocato 34 minuti. In totale il centrocampista ha segnato 1 rete in questa stagione.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Delfin il 4 ottobre, avendo realizzato nella vittoria per 5-1.
Nell'ultima stagione con Macará in Liga Pro de la Cruz ha collezionato 21 presenze, gare in cui ha segnato 1 gol e fornito 3 assist vincenti.
Prima di cominciare l'esperienza con Macará nel gennaio 2019, De la Cruz ha collezionato 32 presenze in campionato con Deportivo Cuenca, per un totale di 3 gol.