Stefan Lekovic del Villarreal ha collezionato 1 presenza, per un totale di 28 minuti. La sua unica presenza è stata da subentrato.La sua prima presenza nella competizione è stata il 20 aprile, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Villarreal II contro Racing Ferrol, nella vittoria per 1-0.
Lekovic ha giocato 12 partite di Super Liga nell'ultima stagione con Crvena Zvezda, realizzando 1 gol.
Il difensore ha iniziato la sua esperienza in prestito con il Villarreal nel settembre 2023. In precedenza giocava per Crvena Zvezda, per cui ha collezionato 12 presenze in campionato, con 1 gol, dopo aver raggiunto il club nel luglio 2022.
Il 3 marzo 2024 Lekovic ha debuttato in LaLiga, all'età di 20 anni e 53 giorni contro il Granada. Quella partita rimane l'unica per Lekovic in LaLiga.