Jonathan Calleri del São Paulo è sceso in campo nella maggior parte delle partite del club in Serie A nel 2024, avendo collezionato 21 presenze, per un totale di 1596 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 19 presenze su 33 giornate ed è entrato 2 volte.
L'ultima partita di Calleri in Serie A è stata il 9 novembre, gara in cui ha giocato 86 minuti con la maglia del São Paulo contro l'Athletico Paranaense, nella vittoria per 2-1. In totale l'attaccante ha realizzato 5 reti nel 2024; ha inoltre fornito 2 assist. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
É stato contro il Flamengo il 3 agosto che Calleri ha segnato il suo ultimo gol, nella vittoria per 1-0. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro l'Atlético Goianiense il 21 aprile, avendo realizzato una rete nella vittoria per 3-0.
La trasferta contro il Bragantino, il 20 novembre, sarà la prossima gara di Serie A per il San Paolo.
Nella passata stagione di Paulista A1 Calleri è sceso in campo in 8 partite con il San Paolo, realizzando 2 gol e fornendo 2 passaggi vincenti.
Prima di cominciare l'esperienza con il San Paolo nell'agosto 2021, Calleri ha collezionato 42 presenze in campionato con il Boca Juniors, per un totale di 16 gol e 7 assist.