Jhonatan Silva è un difensore del Fortaleza che non ha ancora fatto il suo esordio in Serie A dopo aver raggiunto il club il 2 aprile 2024.
Nella passata stagione di Paranaense 1 Silva ha giocato 2 partite con Operário PR.
Silva è tornato a giocare per il Fortaleza nell'aprile 2024 dopo un'esperienza in prestito con Azuriz, con cui ha collezionato 12 presenze in campionato.