Jhonatan Moreirense non ha ancora preso parte a nessuna delle 34 gare che il suo club ha disputato finora in Primeira Liga nel 2020/2021.
La sua ultima presenza in campionato è stata il 9 marzo 2019, partita in cui ha giocato 73 minuti con la maglia Moreirense contro Marítimo, nella sconfitta per 3-2.
Nell'ultima stagione con Vitória Guimarães in Primeira Liga Jhonatan ha collezionato 1 presenza.
Prima di arrivare a vestire la maglia Moreirense nel novembre 2020, il portiere ha collezionato 1 presenzan in campionato con Vitória Guimarães.