Giovanni Bonfanti del Pisa è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Serie B nel 2024/2025, avendo collezionato 7 presenze, per un totale di 484 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 6 presenze su 10 giornate ed è entrato 1 volta.
La sua ultima partita nella competizione è stata il 29 settembre, gara in cui ha giocato 69 minuti con la maglia del Pisa contro Juve Stabia, nella sconfitta per 2-0. In questa stagione il difensore ha registrato 1 assist.
La trasferta contro la Cremonese, il 3 novembre, sarà la prossima gara di Serie B per il Pisa.
Nella passata stagione di Serie A Bonfanti è sceso in campo in 2 partite con l'Atalanta.
Il difensore è passato a giocare in prestito con il Pisa nell'agosto 2024. In precedenza giocava per l'Atalanta, per cui ha collezionato 2 presenze in campionato, dopo aver raggiunto il club nell'agosto 2023, mentre prima giocava per Atalanta II.