Francesco Caputo del Empoli è sceso in campo nella maggior parte delle gare del club in Serie A nel 2023/2024, avendo collezionato 20 presenze, per un totale di 1274 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 15 presenze su 38 giornate ed è entrato 5 volte.
L'ultima partita di Caputo in campionato è stata il 26 maggio, gara in cui ha giocato 23 minuti con la maglia del Empoli contro la Roma, nella vittoria per 2-1. In totale l'attaccante ha segnato 3 gol in questa stagione.
É stato contro il Sassuolo il 26 novembre che Caputo ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 4-3. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro la Fiorentina il 23 ottobre, avendo realizzato una rete nella vittoria per 2-0.
Nella passata stagione di Serie A Caputo è sceso in campo in 21 partite con l'Empoli, realizzando 5 gol e fornendo 4 assist vincenti.
A gennaio 2023 Caputo, in quel periodo giocatore della Sampdoria, ha iniziato a giocare per l'Empoli in prestito. Ha collezionato 15 presenze in campionato in totale con la Sampdoria, realizzando uno gol. Il suo passaggio a giocatore del Empoli è stato definitivo a luglio 2023.
Il 3 ottobre 2010 Caputo ha fatto il suo esordio in Serie A con Bari, a 23 anni e 58 giorni, contro il Genoa. Ha avuto un buon impatto al suo debutto in Serie A con il suo club attuale, l'Empoli, avendo segnato un gol contro il Cagliari il 19 agosto 2018.
Finora in Serie A, conta 205 presenze con 69 reti realizzate e 24 assist per i compagni. Nonostante abbia giocato 205 partite in Serie A fino ad oggi, Caputo non è ancora stato espulso nella competizione.