Facundo Waller del Puebla è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Liga MX nel 2024/2025, avendo collezionato 12 presenze, per un totale di 621 minuti. É partito titolare in 6 presenze su 17 giornate ed è stato utilizzato come subentrato in 6 occasioni.
Il centrocampista ha giocato la sua ultima partita il 10 novembre, con il Club Puebla: una sconfitta per 2-1 contro il Tijuana, in cui ha giocato 89 minuti. In questo campionato il centrocampista ha fornito 1 assist.
Waller ha giocato 4 partite di Liga MX nell'ultima stagione con il Club Puebla.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Puebla nel gennaio 2023, Waller ha collezionato 17 presenze in campionato con l'Atlético San Luis, per un totale di 1 rete e 2 assist.