Il difensore AGF Casper Höjer Nielsen ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in Superliga nel 2020/2021, avendo collezionato 28 presenze, per un totale di 2494 minuti. É partito titolare in tutte le 28 presenze, su 33 giornate.
Höjer Nielsen ha giocato la sua ultima partita il 20 maggio, con AGF: una sconfitta per 2-1 contro Brøndby, in cui ha giocato 90 minuti. Il difensore ha segnato 3 gol in questo campionato, mentre si posiziona al 4° posto, sempre a pari merito, per assist in Superliga in questa stagione, avendo regalato 8 passaggi vincenti. Ha ricevuto 5 cartellini gialli.
É stato contro København il 25 aprile che Höjer Nielsen ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 2-1. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro OB il 27 settembre, avendo realizzato una rete nella vittoria per 4-2.
Nell'ultima stagione con AGF in Superliga Höjer Nielsen ha collezionato 35 presenze, gare in cui ha realizzato 4 gol e fornito 6 passaggi vincenti.
Il difensore ha iniziato la sua esperienza con AGF nel febbraio 2018, mentre prima giocava con Lyngby, con cui ha collezionato 50 presenze in campionato, con 2 gol segnati.