Bernhard Zimmermann Rapid Wien II è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in 2. Liga nel 2020/2021, avendo collezionato 28 presenze, per un totale di 1764 minuti. É partito titolare in 20 di queste presenze, su 30 giornate, ed è entrato a gara in corso 8 volte.
Zimmermann ha giocato la sua ultima partita il 23 maggio, con Rapid Wien II: una sconfitta per 2-1 contro Austria Klagenfurt, in cui ha giocato solamente un minuto. In totale l'attaccante ha realizzato 2 gol in questa stagione.
É stato contro Austria Lustenau il 10 aprile che Zimmermann ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 3-2. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Horn il 6 novembre, avendo realizzato una rete nella sconfitta per 3-2.